Quando pensamos em febre maculosa ainda nos supreendemos quando ficamos sabendo de casos em Campinas e Região. Sabemos que a área é endêmica, mas boa parte da população não sabe ao certo a época de maior risco de se adquirir a doença. A doença é muitas vezes associada com épocas quentes e umidade. Antes de…
Valores do nanodrop para entender possíveis inconsistências no pós extração
Uma problema que tive logo que comecei a trabalhar com biologia molecular e que recentemente em conversa com uma aluna de mestrado, me voltou a memória, é a concentração de DNA que o nanodrop te dá. No começo me lembro que só de ver uma número alto, por exemplo 900 ng/ml, eu ficava super contente,…
Leishmaniose: O que a Ciência de Dados revela sobre a doença na Região de Campinas
Quando o código encontra a clínica Como bióloga e estudante de medicina veterinária, sempre me perguntei como podemos usar a tecnologia para enxergar além do microscópio e do consultório. Hoje, trago uma aplicação prática de Data Science na Veterinária: o mapeamento de zoonoses. A Leishmaniose Visceral é uma doença grave, sistêmica e letal se não…
ClustalW: A lógica matemática dos algoritmos de alinhamento múltiplo
Se você começou na bioinformática há alguns anos, provavelmente sua primeira interação com alinhamento múltiplo foi no BioEdit ou no site do EBI, selecionando o clássico ClustalW. A gente carregava o FASTA, clicava em “Run” e esperava a mágica acontecer. Mas o que a “caixa preta” do software está realmente fazendo? E por que, em…
Desafios de Visão Computacional na Biologia: O problema dos objetos pretos na fotogrametria
Recentemente nos deparamos com um interessante desafio, no laboratório possuímos o scanner 3D marker pro Mole. Um equipamento comprado para realizar morfometria geometrica em aves, ainda tinhamos duvida se tentariamos com asa, bico ou outra estrutura. Acontece que recentemente um dos alunos de graduação se interessou em estudo com bico de uma ave do sertão….
Construindo uma carreira científica no Brasil
Quando eu era criança, nunca pensei que seria um cientista. Minha família é do meio da Amazônia (Tefé), no Brasil, e sua única preocupação era como sobreviver à pobreza. Meu avô era um seringueiro e minha avó cuidava de sua pequena plantação e de seus sete filhos. Ambos aprenderam a ler e escrever quando adultos….
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Informações básicas Na biologia molecular, utilizamos o procedimento para detectarmos o gene de interesse e aumentarmos o número de cópias dele para que consigamos analisa-lo. Em um exemplo hipotético, você gostaria de estudar o gene Abcem camundongo para compará-lo com o mesmo gene só que em espécies diferentes. Por meio de pesquisas foi verificado que o…
Real-Time PCR (RT-PCR) versus PCR
Conceitos resumidos para o alcance da compreensão Uma das principais diferenças de um Real-Time PCR e um PCR convencional é a fita molde utilizada, no primeiro processo utilizamos basicamente o RNA que necessita ser transformado em cDNA para então iniciar o PCR propriamente dito. Outra diferença entre os dois processos, é que o RT-PCR é…
R: força e significância estatística da associação
Serão apresentados: 1) Alguns procedimentos estatísticos que avaliam a força da associação e a significância da associação entre duas variáveis. Essas variáveis podem ser numéricas ou categóricas. 2) Uma discussão mais detalhada sobre o ANOVA e os testes de poder. Procedimentos estatísticos. Comparação entre variáveis nominais e nominais: Força da associação (effect size): use assocstats…
Desenho de primers
Processo pré-desenho de primers Antes de iniciar o desenho de primers é necessário verificar algumas informações básicas, como: Tamanho em pares de base do gene alvo Região codificante do gene alvo (CDS) Quantidade de sequências depositadas em banco de dados (ex. GenBank) e tamanho das mesmas, verificar sequências que são predicted. NOTA: Para maiores informações…
Data Science 